«Алания» была основана в 1921 году британскими коммунистами Армстронгом и Кэмпбеллом и поначалу называлась командой «Юнитас» (от английского слова «едины»). С 1921 до 1924 годы команда выигрывала чемпионат Владикавказа.

В 1923 клуб обьединился с владикавказским «Спартаком», и клуб обрел название КИМ (коммунистический интернационал молодежи), а уже через год название поменяли на СК им. Ленина «Спартак». В 1944 году клуб переименовали в «Динамо Дзаужикау», и это имя команда носила до 1949 года, когда клуб опять назвали «Спартак».

В 1960 году «Спартак» прорвался в профессиональную лигу, класс Б, а уже в 1966-м занял нужное место и вышел в класс А. В 1969 году клуб выиграл путевку в высшую лигу, но уже через год потерял ее и вернулся в первую лигу.

В новообразованном чемпионате России команда сразу же стала одной из сильнейших, взяв серебро в 1992 году.

В 1994 году клуб возглавил Валерий Газзаев, а в 1995-м клуб выиграл чемпионат России, став второй командой (после московского «Спартака»), кому покорилось чемпионство страны. Год спустя команда завоевала серебро, уступив все тому же «Спартаку», которым в том сезоне руководил Георгий Ярцев. В этом же году клуб поменял название на «Спартак-Алания» (Владикавказ), а в 1997 году его назвали «Аланией» (Владикавказ). Тогда же началось падение команды, и «Алания» превратилась в аутсайдера чемпионата. В 2003 году клуб опять поменял название на «Спартак-Алания».

В 2005 году клуб вылетел из премьер-лиги, и из-за финансовых проблем сразу оказался во втором дивизионе, но с первой же попытки вышел в первый дивизион. В 2009 году «Алания» – главный претендент на выход в премьер-лигу..