Команда была основана в 1957 году как «Буревестник» и за годы своего существования многократно меняла названия: «Томич» (1958, 1961—1963), «Сибэлектромотор» (1959—1960), «Торпедо» (1964—1967, 1974—1978), «Томлес» (1968—1973), «Манометр» (1979—1987).

Первоначально матчи проходили на стадионе «Буревестник» (ныне стадион «Политехник»), а с 1960-х годов — на стадионе «Труд».

С 1998 года «Томь» вышла в первый дивизион под руководством Владимира Юрина. В 2005 году «Томь» впервые в истории томского футбола попала в российскую премьер-лигу и в первом своем сезоне заняла 10-е место. В 2006 году команда улучшила свою позицию, заняв 8-е место и набрав 41 очко. В 2007 команда заняла 11 место с 35 очками.

В премьер-лиге команду возглавляли Анатолий Бышовец, Валерий Петраков и Мирослав Ромащенко. Генеральный директор некоммерческого партнерства ФК «Томь» — Юрий Германович Степанов.