Дата возникновения «Амкара» – 5 мая 1993 года, когда команда из работников пермской фабрики минеральных удобрений сыграла первый матч на Кубок Перми. Название «Амкар» получил благодаря главной продукции завода «АМмиак-КАРбамид».

Чемпион и обладатель Кубка Пермского края 1994 года. На профессиональном уровне выступает с 1995 года, когда «Амкар» вышел в третий дивизион. Выступления во втором дивизионе — 1996-1998 годы. Первый дивизион — 1999-2003 годы. Выход в премьер-лигу — с 2004 года (вместе с ФК «Кубань»).

Достижения:

Полуфиналист Кубка России в сезонах 2001/2002 и 2004/2005, финалист в сезоне 2007/2008.

Самая крупная победа в чемпионатах России — 8:1 над «Металлургом-Метизником» (Магнитогорск) в 1995 году. Самое крупное поражение в чемпионатах России — 0:6 от «Спартака» (Москва) в 2004 году.

Рекордсмен клуба по количеству сыгранных матчей — Алексей Попов (353 игры). Лучший бомбардир в истории клуба — Константин Парамонов (170 голов).

Цвета клуба — красно-бело-черные.

Ведущую роль в успешном становлении коллектива сыграли главные тренеры «Амкара» Сергей Оборин и Рашид Рахимов, генеральный директор Юрий Гребенюк. За «Амкар» в разное время играли такие футболисты, как Николай Яковлев, Сергей Чебанов, Константин Зырянов, Константин Парамонов.

Заметной вехой в истории ФК «Амкар» и футбола Прикамья стала победа 12 сентября 1998 года в розыгрыше Кубка России 98/99 годов над чемпионом страны московским «Спартаком» со счетом 1:0.

В сезоне-2008 по итогам чемпионата занял рекордное 4 место, что дало возможность дебютировать в еврокубках – в новообразованной Лиге Европы (ранее Кубок УЕФА) – с четвертого квалификационного раунда.

Еще одним успехом в 2008 году стал выход в финал Кубка России. По ходу финального матча против столичного ЦСКА пермяки вели со счетом 2:0, однако удержать преимущество не смогли и уступили в серии пенальти.

Сезон-2009 команда встретила с новым главным тренером Димитром Димитровым, новым спортивным директором Виктором Засульским и первыми бразильцами в истории клуба – Вильямом и Жеаном Карлосом.

2 сентября 2009 года Димитар Димитров отправлен в отставку из-за неудовлетворительных результатов. 5 сентября на пост главного тренера вновь назначен Рашид Рахимов.