Клуб основан в 1934 году.

В течение своего существования клуб имел различные названия: Буревестник (1934-1937), Крылья Советов (1938-1956), Сибсельмаш (1957-1965), СЭТМ (1970), Дзержинец (1971), Чкаловец (1972-1991 и 1993-1999), Чкаловец (1972-1991 и 1993-1999), Чкаловец-1936 (2000-2005), Сибирь (с 2006).

История выступления»Чкаловца-1936» в российском футболе началась с 1992-го года, когда команда взяла старт в восточной зоне Первой лиги. Ранее особыми успехами «авиастроители», несмотря на солидный стаж выступлений в союзном футболе, похвастаться не могли. В 1984-м году команду даже исключили из числа участников второй лиги за низкие спортивные результаты. Возрождение «Чкаловца» состоялось через три года, когда в 1987-м году команда Валерия Борисовича Ерковича вернулась в большой футбол.

В 1994-м году опытный тренер Леонид Шевченко вывел «Чкаловец» в Первую лигу российского футбола, где на следующий год эта команда наделала немало шума, заняв сходу 11-е место при 22-х участвующих командах. В составе «авиастроителей» блистали Сергей Галкин (14 забитых мячей), Платон Кривощеков, Дмитрий Злобин и Муртаз Начкебия. Однако уже в сезоне 1996-го года «Чкаловец» рухнул в пучину второго дивизиона зоны «Восток», где и пребывал до 2004-го года. Мало того, в сезоне-2000 «авиастроители» вообще не имели профессионального статуса и выступали в КФК.

Уверенно выиграв в 2004-м году первенство России среди команд восточной зоны второго дивизиона, «Чкаловец-1936» вернулся в Первый дивизион. В сезоне 2005-го года, неуверенно стартовав, команда после смены тренера – вместо Владимира Пузанова пришел Анатолий Давыдов – выполнила поставленную задачу и заняла 10 место в Первом дивизионе.

По окончании первенства руководство и учредители клуба сменили название «Чкаловец-1936» на «Сибирь». В следующих двух сезонах руководство клуба ставило перед «Сибирью» все более и более амбициозные задачи, и команда оба раза блестяще выполнила их, заняв в 2006-м году седьмое, а в 2007-м – третье место в Первом дивизионе. А в 2009 году команде удалось выйти в элиту российского футбола. В 2010 году команда играла с «Зенитом» в финале Кубка России и получила право дебютировать в Европе. Не без туда пройдя не самого сурового соперника – «Аполлон» из Кипра, – команда вышла на голландский ПСВ и добилась сенсационной победы в домашних условиях! В гостях, правда, «Сибирь» была разгромлена и прекратила свое выступление.