Краснодарская «Кубань» основана в 1928 году.

Прежние названия клуба:

«Динамо» – 1928 – 1952 годы, «Нефтяник» – 1954 – 57, «Кубань» – 1958 – июль 1960, «Спартак» июль 1960 – январь 1963, с 1963 года вновь «Кубань». Профессиональный футбольный клуб «Кубань» основан 3 мая 1989 года.

В 1935 году краснодарцы впервые приняли участие в чемпионате СССР. Год спустя динамовцы Краснодара приняли участие в 1 розыгрыше Кубка СССР. В 1954 году состоялось второе рождение краснодарской команды в первенстве СССР. Теперь это был коллектив, носящий имя «Нефтяник». В 1970 году была образована 1-я лига первенства СССР, куда была включена «Кубань».

Год 1979-й стал поистине триумфальным для всего кубанского футбола! За тур до финиша первенства СССР среди команд 1 лиги «Кубань» вслед за львовскими «Карпатами» стала обладателем путевки в элиту советского футбола.

С 1980 по 1982 годы «Кубань» провела три сезона в высшей лиге чемпионата СССР.

3 мая 1989 года был основан Футбольный Клуб «Кубань» (Краснодар).

После распада СССР «Кубань» получила право участвовать в высшей лиге 1 чемпионата России 1992 года. Стоит признать, что краснодарцы не были готовы к такому повороту событий, поэтому провал был вполне прогнозируем и «Кубань» вновь оказалась в первой лиге, а по итогам сезона 1998 команда, и вовсе выбыла во 2 дивизион.

В турнирах 1999 и 2000 годов «Кубань», ведомая Софербием Ешуговым, дважды первенствовала в зональных турнирах Южной конференции. Уступив в 1999 году в стыковых матчах тольяттинской «Ладе» (1:2, 1:1), годом позже краснодарцы обыграли саранскую «Светотехнику» (1:0, 0:0) и вернулись в 1 дивизион.

В 2001 году на пост главного тренера был назначен известный специалист Олег Долматов. Под его руководством команда заняла 3 место в первом дивизионе и «малые» бронзовые медали.

В 2003 году «Кубань» завоевала путевку в премьер-лигу, но не смогла в нем закрепиться и по итогам сезона 2004 выбыла в первый дивизион.

В первенстве 2005 года «Кубань» возглавил словацкий специалист Йожеф Хованец, который не смог выполнить задачу выхода в Премьер-лигу.

В 2006 году после отставки словацкого тренера, команду принял Павел Яковенко, который сделал ставку на перспективную молодежь. В итоге «Кубань» вновь завоевала место среди лучших команд России.

2007 год прошел в клубе под знаком тренерских перестановок. Как следствие этого – закрепиться в «высшем свете» «Кубани» не удалось, и по дополнительным показателям команда покинула премьер-лигу.

2008 год начался для Кубани переменами. Фактически развалившийся после вылета в первый дивизион клуб пришлось собирать заново. В конце 2007 года из клуба в «Терек» ушел тренер Леонид Назаренко. Ушли и несколько ведущих игроков, в том числе в клубы премьер-лиги, – Александр Орехов (в «Рубин»), Виталий Калешин (в «Москву»), Олег Иванов (в «Крылья Советов»), Евгений Помазан (в ЦСКА).

Тренером был назначен Александр Тарханов . Он собрал новую команду, но из-за проблем со здоровьем был вынужден уйти из клуба. На его место был приглашен Сергей Павлов, с которым пришли некоторые известные игроки, например, Александр Тихоновецкий. В результате конфликта с владельцем клуба С. Мкртчаном Павлов ушел в ярославский «Шинник».

За главного в команде остался старший помощник Павлова – Погос Галстян. Под занавес удачного сезона Галстяна сменил украинский специалист Олег Протасов, ранее работавший в Днепропетровске. Команда набрала 87 очков и, вместе с «Ростовом», обеспечила себе выход в премьер-лигу.