Инициатором создания и владельцем футбольного клуба «Краснодар» является известный российский бизнесмен Сергей Николаевич Галицкий. В феврале 2008 года ФК «Краснодар» успешно прошел процедуру лицензирования в ПФЛ, получил профессиональный статус и стартовал в зоне «Юг» второго дивизиона. Росгосстрах первенства России.

В свой дебютный сезон команда завоевала свои первые в истории награды – бронзовые. В январе 2009 года ряд клубов отказался от участия в турнире первого дивизиона по финансовым причинам. ФК «Краснодар» как коллектив, занявший призовое место в одной из зон второго дивизиона, получил от ПФЛ предложение занять вакантное место и принял его. Клуб прошел аттестацию с первой попытки и был допущен к участию в соревнованиях в первом российском дивизионе.

28 декабря 2010 года клуб обрел нового главного тренера. Им стал сербский специалист Славолюб Муслин, ранее уже работавшим в России с клубами Премьер-лиги «Локомотив» (Москва) и «Химки». До этого с командой работали Владимир Волчек, Нурбий Хакунов (начальник команды), Сергей Ташуев.