В сентябре 1909 года группа семинаристов, несогласная с позицией своего пастора, который отказывался включить футбол в программу спортивного кружка, организовала собственную футбольную команду.

Долгое время команда выступала в окружных лигах и только в 1936 году сумела добиться выхода в лигу Вестфалии. После Второй мировой войны клуб, как и все организации, связанные с правительством нацистской Германии, был распущен.

В 1947 году команда выиграла чемпионат Вестфалии. Шесть раз дортмундцы добивались победы в чемпионате Западной Оберлиги (1948, 1949, 1950, 1953, 1956, 1957 годы)

В 1956 году клуб впервые стал чемпионом Германии, а год спустя повторил этот успех. Результаты команды на европейской арене в то время были не столь значительны: поражение от «Манчестер Юнайтед» в одной восьмой Кубка чемпионов 1956 года и неутешительный результат в четвертьфинальной игре этого же турнира с «Миланом» 1957 года.

В 1963 году «Боруссия» в третий раз выиграла чемпионат Германии.

В 1965 году команда завоевала Кубок Германии, а в 1966-м – Кубок обладателей кубков, обыграв в дополнительное время «Ливерпуль» со счетом 2:1. В конце 60-х годов «Боруссия» начала сдавать свои позиции и в 1972 году простилась с бундеслигой, но ненадолго. В 1976 году «Боруссия» вернулась в сильнейший футбольный турнир Германии, но добиться каких-то значимых результатов не могла продолжительное время. Только в 1989 году «Боруссия» выиграла Кубок Германии. Подъем «Боруссии» начался с приходом в команду Оттмара Хитцфельда.

В 1992 году «Боруссия» финишировала второй в бундеслиге, уступив первое место «Штутгарту» только по разнице мячей. В 1995 и 1996 году команда стала чемпионом Германии, а в 1997 выиграла Лигу чемпионов и Межконтинентальный кубок.

В 2002 году «Боруссия» под руководством Маттиаса Заммера в шестой раз выиграла чемпионат Германии, а также дошла до финала Кубка УЕФА, где уступила «Фейеноорду» 2:3.

Команду тренировали: Оттмар Хитцфельд, Отто Рехагель, Маттиас Заммер, Невио Скала, Михаэль Скиббе.

В разные годы за «Боруссию» выступали: Торстен Фрингс, Томас Хесслер, Ян Коллер, Йенс Леманн, Андреас Меллер, Карл-Хайнц Ридле, Маттиас Заммер, Кристоф Метцельдер, Юрген Колер, Томаш Росицки, Стивен Пиенар, Эби Смолярек.

Самым принципиальным соперником «Боруссии» является «Шальке-04». Встречи этих команд проходят под названием «рурское дерби».